勤怠管理を無効にできますか？

はい。可能です。
勤怠管理を無効にし、ワークログの管理のみ利用することができます。

勤怠管理を無効にする方法
1）左サイドバー歯車アイコン「システム設定」より「基本設定」を選択してください。

2）右上の「編集」をクリックし、「出退勤管理を利用する」をオフにします。

以上です。勤怠管理を別の方法で行っている場合などで便利にお使いいただけます。